Según los datos recopilados por guardaparques, la Quebrada de Córdova recibe cada año en la temporada de Enero y Febrero un gran número de visitantes, muchos de ellos propietarios o arrendatarios de las comunidades aledañas al cauce. Se trata principalmente de veraneantes que acuden en grandes grupos; traen pic-nics, prenden fuego y se bañan  en las pozas del Coipo Grande y Coipo Chico.

En esta época estival se generan grandes volúmenes de basura lo que se agrava con la ausencia de servicios higiénicos y botes de basura. Otro problema que se presenta en esta época son daños en la infraestructura y daños intencionales a la flora y fauna del lugar.

Una amenaza constante es el riesgo de incendios, los que se habían producido casi todos los años en la quebrada antes de la presencia de los guardaparques quienes vigilan las fogatas prendidas por los visitantes. Un incendio ocurrido en el año 2006  destruyó uno de los mayores bosquetes de olivillo de la Quebrada.

En otro sentido, lamentablemente los mismos vecinos han interferido negativamente en la quebrada. En los casos en los que no se cuenta con pozos sépticos o alcantarillados mucho del los desechos domésticos son vertidos en el cauce (este es el caso de las tomas de terreno, por ejemplo), y también es común que los vecinos desbarranquen la basura doméstica por las laderas de la Quebrada.

Existen una serie de otros importantes problemas ambientales presentes en la quebrada: se ha observado por ejemplo la extracción de rocas del fondo de Quebrada a partir de la detonación de explosivos; extracción de agua para beber (obviamente NO recomendable) desde pozos profundos y carga de camiones aljibes en el curso alto de la quebrada; trámites de concesiones mineras, plantaciones de especies exóticas que compiten con la vegetación nativa de la zona, en fin, variedad de intervenciones humanas que han acrecentado los daños ecológicos.

Por otra parte, este eminente deterioro provoca que muchos vecinos se sientan impotentes frente a los hechos, y han optado por refugiarse en sus casas y dar la espalda a la Quebrada aún reconociendo su valor natural, recreativo e histórico.

Existe otro importante conflicto ambiental en la Playa de Las Ágatas  (desembocadura del estero de Córdova) que data desde hace más de 25 años cuando se permitió la extracción de áridos en forma artesanal por parte de un grupo de gravilleros de la zona.

A partir de esta actividad no controlada se ha producido una disminución de la playa en al menos 2 hectáreas según científicos de las Universidad de Chile y Católica, con esos antecedentes la Capitanía de Puerto de Algarrobo suspendió todos los permisos de extracción de áridos en esa playa, lamentablemente sin resultados concretos ya que la extracción sigue hasta hoy con enormes daños socio-ambientales asociados.

Los hechos comentados en estas líneas demuestran la inminente necesidad de un plan de desarrollo territorial para la Quebrada de Córdova, labor que la Fundación Eladio Sobrino ha comenzado a realizar, y en el que se involucran cada día distintos actores.